O epitelio intestinal do recém nascido (RN) tem respostas inflamatórias para bacterias comensais e para patógenos. Os portadores de defeitos congênitos do trato gastrointestinal, submetidos a correçao cirúrgica e internados em Unidades de Cuidado Intensivo são susceptíveis a influencias ambientais, com consequente desordem da microbiota intestinal, tornando possível a proliferação de bacterias patogénicas. Objetivos: Avaliar a microbiota intestinal de RNs no pós operatório. Métodos: Incluidos 30 RNs divididos em 3: Gastrosquise, Onfalocele e Atresia-Hernia. Colhidas amostras de fezes e realizada extração do DNA. Identificados os Filos e Gêneros bacterianos. Resultados: O filo abundante ao nascimento foi Firmicutes, o gênero na onfalocele e atresia/hernia foi Stafilococos e na Gastrosquise foi Streptococos. A Proteobacteria no grupo que recebeu mais de 3 ciclos de antibióticos e Firmicutes em quem recebeu menos de 3 ciclos. O gênero em quem recebeu mais de 3 ciclos foi Klebsiella e em quem recebeu menos de 3 ciclos Escherichia Shiguela. Os resultados importantes para entender a composiçao da Microbiota, as consequências clínicas e as intervenções para melhor adaptação intestinal.