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Nella mia tesi di dottorato, ho descritto una pipeline di RT-PCR e clonazione su larga scala che ho sviluppato per ottenere diverse migliaia di cloni di cDNA di mammiferi (principalmente umani e topi) per la raccolta del gene NHGRI/NCI Mammalian Gene Collection. A quel tempo, gli strati della complessità del trascrittoma dei mammiferi non erano ancora completamente concepiti. In questo progetto, sono stato profondamente coinvolto in questioni strategiche e concettuali nella caratterizzazione della complessità del trascrittoma a diversi livelli. Utilizzando la pipeline RT-PCR combinata con algoritmi di previsione genica che utilizzano informazioni genomiche comparative, abbiamo identificato con successo e verificato sperimentalmente nuovi geni di mammiferi, come gli omologhi di ratti a lunghezza intera di geni di malattie umane. Inoltre, ho studiato la complessità del trascrittoma, compresi gli SNP e lo splicing alternativo in campioni di leucemia utilizzando la PCR quantitativa, e abbiamo sviluppato una tecnologia di analisi delle tracce per identificare più trascrizioni alternative di splicing in una singola reazione di sequenziamento. I miei risultati hanno suggerito che, in alternativa, le trascrizioni giuntate mostrano una regolazione specifica del tipo di cancro in salita o in discesa, e il rapporto di isoforme alternative giuntate può essere alla base del meccanismo del cancro.
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