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En raison du manque de critères de sélection appropriés, le développement de variétés de riz à haut rendement hautement tolérantes au sel reste un épisode incomplet et dans ce croisement, les marqueurs moléculaires trouvent un endroit approprié pour être utilisé. Ce sont plus de potentiel; avoir une meilleure résolution et ne pas être affecté par l'environnement changeant. Dans la présente étude, des efforts ont été faits pour marquer le (s) gène (s) tolérant au sel dans une cartographie F3 de Pokkali X IR 28 avec phénotypage simultané en réponse à un excès de sel dans des conditions artificielles. Le résultat montre un polymorphisme suffisant pour 10 amorces décamères, ce qui est essentiel pour un programme de marqueurs moléculaires dans la cartographie du gène d'intérêt. De cette étude, on peut conclure que RAPD peut être utilisé dans le marquage des gènes pour la tolérance au sel dans le riz sans hésitation. Les informations actuelles suffisent amplement pour que RAPD puisse être utilisé comme un système de marqueurs fiable, facile à manipuler et bon marché dans le profilage moléculaire des ségrégants F3.