Catálise de Orotidina 5'-Monofosfato
Um estudo computacional
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Como um modelo para interações presentes no sítio ativo da orotidina-5'-monofosfato descarboxilase (ODCase), investigamos os efeitos da desestabilização do substrato por uma carga negativa próxima e estabilização do intermediário carbanião, devido às ligações de hidrogênio aos grupos carbonila ( O-2 e O-4) de ácido orótico e seu produto de descarboxilação, usando cálculos ab initio. Os resultados desses modelos foram comparáveis com os dados disponíveis, sugerindo que a magnitude do aumento da taxa de descarboxilação depende de uma combinação da distância de carga e d...
Como um modelo para interações presentes no sítio ativo da orotidina-5'-monofosfato descarboxilase (ODCase), investigamos os efeitos da desestabilização do substrato por uma carga negativa próxima e estabilização do intermediário carbanião, devido às ligações de hidrogênio aos grupos carbonila ( O-2 e O-4) de ácido orótico e seu produto de descarboxilação, usando cálculos ab initio. Os resultados desses modelos foram comparáveis com os dados disponíveis, sugerindo que a magnitude do aumento da taxa de descarboxilação depende de uma combinação da distância de carga e dos efeitos das ligações de hidrogênio. Descobrimos que o momento dipolar do doador de prótons também pode desempenhar um papel significativo, implicando que a chave para o resto da catálise reside nas interações específicas do substrato e os resíduos circundantes.
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