Catálisis de orotidina 5'-monofosfato
Un estudio computacional
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Como modelo para las interacciones presentes en el sitio activo de la orotidina-5'- monofosfato descarboxilasa (ODCasa), investigamos los efectos de la desestabilización del sustrato por una carga negativa cercana y la estabilización del intermedio carbanión, debido a los enlaces de hidrógeno a los grupos carbonilo ( O-2 y O-4) del ácido orótico y su producto de descarboxilación, utilizando cálculos ab initio. Los resultados de estos modelos fueron comparables con los datos disponibles, lo que sugiere que la magnitud de la mejora de la tasa de descarboxilación depende de una combinaci...
Como modelo para las interacciones presentes en el sitio activo de la orotidina-5'- monofosfato descarboxilasa (ODCasa), investigamos los efectos de la desestabilización del sustrato por una carga negativa cercana y la estabilización del intermedio carbanión, debido a los enlaces de hidrógeno a los grupos carbonilo ( O-2 y O-4) del ácido orótico y su producto de descarboxilación, utilizando cálculos ab initio. Los resultados de estos modelos fueron comparables con los datos disponibles, lo que sugiere que la magnitud de la mejora de la tasa de descarboxilación depende de una combinación de la distancia de carga y los efectos de los enlaces de hidrógeno. Descubrimos que el momento dipolar del donante de protones también puede desempeñar un papel importante, lo que implica que la clave del resto de la catálisis se encuentra dentro de las interacciones específicas del sustrato y los residuos circundantes.
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