La diagnosi è probabilmente la componente più critica di tutti i trattamenti odontoiatrici e l'endodonzia non fa eccezione. Il dizionario medico Stedman descrive la diagnosi clinica come "la determinazione della natura di una malattia fatta dallo studio dei segni e dei sintomi di una malattia". Il processo diagnostico, quindi, è una parte essenziale del trattamento e della pianificazione del trattamento. La raccolta di informazioni, l'anamnesi, i segni e i sintomi, l'esame clinico approfondito e i test obiettivi sono obbligatori prima di raccomandare e iniziare il trattamento. Solo dopo aver raccolto queste informazioni è possibile formulare una diagnosi utile per il paziente. Un trattamento sbagliato potrebbe non solo intensificare i sintomi del paziente, ma anche rendere ancora più difficile arrivare alla diagnosi corretta. La conoscenza della malattia endodontica, dell'interpretazione radiografica e delle manifestazioni cliniche è parte integrante e importante del raggiungimento di una diagnosi corretta.
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