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Les champignons endophytes vivent à l'intérieur de la plante sans causer de dommages. La relation que la plante entretient avec le champignon est de la plus haute importance, car le champignon est capable de produire des composés bioactifs qui protègent son hôte contre les attaques d'agents pathogènes et d'insectes nuisibles, lui confèrent une tolérance à la sécheresse et augmentent la biomasse de la plante, entre autres avantages. On lui attribue également la capacité de sécréter des métabolites secondaires tels que des terpènes, des alcaloïdes et des composés aromatiques qui sont utilisés comme antimicrobiens, antiviraux et insecticides. Ces dernières années, pour la lutte contre les parasites, l'utilisation de micro-organismes tels que les bactéries, les champignons et les virus a été mise en oeuvre en tant que fonction de la lutte biologique en raison de son efficacité et de son moindre impact sur l'environnement, ce qui permet de réduire l'utilisation de produits chimiques (insecticides). Dans la lutte contre les insectes nuisibles, on utilise des champignons endophytes, car ils sont capables de provoquer une maladie chez l'insecte et d'entraîner ensuite sa mort, grâce aux spores qu'ils sécrètent.