Sceloporus anahuacus es una especie con marcado dimorfismo sexual, los machos son más grandes y pesados que las hembras, en éstas existe variación en el color ventral, pero es factible asegurar la ausencia en el 100% de hembras de parches ventrales azules, caracter privativo de los machos. Los machos maduran a los 36.7 mm de LHC, mientras que las hembras alcanzan la madurez sexual a los 36.3 mm. S. anahuacus es una especie que madura sexualmente alrededor del cuarto mes de haber nacido. Esta lagartija presenta un ciclo reproductivo otoñal, disociado, esto es, las hembras ovulan en otoño (octubre) la gestación se da en los meses de invierno y las crías nacen a partir de mayo. Por otro lado los machos tienen su punto de actividad gonadal más alto en julio, mes en que se aparean con las hembras. Lo anterior sugiere que las hembras almacenan el esperma en su tracto, hasta que ocurre la ovulación.