Os elementos cis-reguladores (CRE), como os promotores e os potenciadores, são candidatos cruciais para a regulação da expressão genética. Através da cooperação das sequências cis-reguladoras com os factores de transcrição correspondentes, o comportamento ou o destino do produto genético pode ser alterado em várias condições, por exemplo, stress ou em diferentes fases de desenvolvimento. Pequenas mutações/deleções nestas sequências podem levar à diversidade fenotípica ao nível das espécies. Um estudo exaustivo das CRE alargará o leque de promotores disponíveis para utilização na biotecnologia vegetal. Os recentes avanços na bioinformática abriram novas perspectivas para a descoberta de novos promotores e dos seus cis-elementos, que podem ser melhorados através do desenvolvimento de métodos computacionais mais robustos.