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Las colecciones del Jardín Botánico Principal son un patrimonio nacional y mundial. Actualmente las colecciones vivas comprenden 18.259 taxones: 10729 especies, variedades, formas y 7530 tipos de plantas. Están situadas en lugares de exposición y colección, "La flora natural" (1759 taxones), "Arboreto" (1564 taxones), "Plantas ornamentales" (5690 taxones), "Plantas cultivadas" (2478 taxones), "Jardín japonés" (100 taxones), "Invernadero de existencias" (6768 taxones). Las colecciones de la sucursal de Cheboksary incluyen 2810 nombres de plantas. Los jardines botánicos de Rusia participan en programas destinados a conservar la diversidad de especies in situ, incluyendo programas de recuperación de especies, restauración de hábitats y gestión de poblaciones de plantas y ecosistemas. También desarrollan y emprenden programas planificados para la conservación de la biodiversidad ex situ, dando preferencia a las especies vegetales autóctonas de su región.