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Le collezioni del Giardino Botanico Principale sono un patrimonio nazionale e mondiale. Attualmente le collezioni viventi comprendono 18.259 taxa: 10729 specie, varietà, forme e 7530 tipi di piante. Sono collocati nei siti di esposizione e raccolta, "La flora naturale" (1759 taxa), "Arboretum" (1564 taxa), "Piante ornamentali" (5690 taxa), "Piante coltivate" (2478 taxa), "Giardino giapponese" (100 taxa), "Serra di stoccaggio" (6768 taxa). Le collezioni di Cheboksary Branch includono 2810 nomi di piante. I giardini botanici in Russia partecipano a programmi volti a conservare la diversità delle specie in situ, compresi i programmi di recupero delle specie, il ripristino degli habitat, la gestione delle popolazioni di piante e degli ecosistemi. Essi sviluppano e intraprendono anche programmi pianificati per la conservazione della biodiversità ex situ, dando la preferenza alle specie di piante che sono indigene della loro regione.