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L'écologie microbienne explore la manière dont les micro-organismes interagissent entre eux et avec leur environnement. Elle se concentre sur les communautés microbiennes dans divers habitats, du sol et de l'eau au corps humain et aux environnements extrêmes. Les domaines clés comprennent le cycle des nutriments, les relations symbiotiques et leur rôle dans les cycles biogéochimiques. Comprendre l'écologie microbienne aide à gérer les écosystèmes, la biorestauration et à prévoir les réponses aux changements environnementaux tels que le changement climatique et la pollution.