De nombreuses espèces montrent des variations cycliques de leurs densités. Ces cycles ont un rôle important dans l émergence de zoonoses en augmentant les contacts entre l Homme et l animal. Suivant une approche d écologie de la santé, j ai étudié la communauté de parasites d une communauté de rongeurs à dynamique cyclique afin d identifier les réservoirs d agents de zoonoses et les parasites potentiellement impliqués dans les cycles de cette communauté. Les résultats et les suivis épizootiologiques réalisés en Franche-Comté permettent d inférer les facteurs de risques biotiques et abiotiques associés à l émergence de ces zoonoses. Trois agents de zoonoses sont présents: deux hantavirus et le virus Cowpox. La dispersion et le comportement social des rongeurs sont importants pour la transmission de ces virus.