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Band 674 - 13%

Computational Biology of Transcription Factor Binding

Aus der Reihe Methods in Molecular Biology
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Beschreibung

Produktdetails

Einband

Gebundene Ausgabe

Erscheinungsdatum

13.09.2010

Herausgeber

Istvan Ladunga

Verlag

Humana Press

Seitenzahl

454

Maße (L/B/H)

26/18,3/2,9 cm

Gewicht

1104 g

Auflage

2010

Sprache

Englisch

ISBN

978-1-60761-853-9

Beschreibung

Rezension

From the reviews:

“Gives us an overview of transcription and its regulation. … The methods are very up-to-date and clearly presented by authors … . The use of tools for predicting transcription factors binding sites is also very carefully presented in a text that is accessible for beginners … . In summary, this book presents an important tool for entering the growing field of bioinformatics and its use for the study of transcription. … If we cannot read all books ever written, this one is a good choice.” (Carla Columbano Oliveira, Brazilian Journal of Pharmaceutical Sciences, Vol. 47 (2), Summer, 2011)

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Gebundene Ausgabe

Erscheinungsdatum

13.09.2010

Herausgeber

Istvan Ladunga

Verlag

Humana Press

Seitenzahl

454

Maße (L/B/H)

26/18,3/2,9 cm

Gewicht

1104 g

Auflage

2010

Sprache

Englisch

ISBN

978-1-60761-853-9

Herstelleradresse

Springer-Verlag GmbH
Tiergartenstr. 17
69121 Heidelberg
DE

Email: ProductSafety@springernature.com

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  • 1. An Overview of the Computational Analyses and Discovery of Transcription Factor Binding Sites
    Istvan Ladunga

    2. Components and Mechanisms of Regulation of Gene Expression
    Alper Yilmaz and Erich Grotewold

    3. Regulatory Regions in DNA: Promoters, Enhancers, Silencers, and Insulators
    Jean-Jack M. Riethoven

    4. Three-Dimensional Structures of DNA-Bound Transcriptional Regulators
    Tripti Shrivastava and Tahir H. Tahirov

    5. Identification of Promoter Regions and Regulatory Sites
    Victor V. Solovyev, Ilham A. Shahmuradov, and Asaf A. Salamov

    6. Motif Discovery Using Expectation Maximization and Gibbs’ Sampling
    Gary D. Stormo

    7. Probabilistic Approaches to Transcription Factor Binding Site Prediction
    Stefan Posch, Jan Grau, André Gohr, Jens Keilwagen, and Ivo Grosse

    8. The Motif Tool Assessment Platform (MTAP) for Sequence-Based Transcription Factor Binding Site Prediction Tools
    Daniel Quest and Hesham Ali

    9. Computational Analysis of ChIP-seq Data
    Hongkai Ji

    10. Probabilistic Peak Calling and Controlling False Discovery Rate Estimations in Transcription Factor Binding Site Mapping from ChIP-seq
    Shuo Jiao, Cheryl P. Bailey, Shunpu Zhang, and Istvan Ladunga

    11. Sequence Analysis of Chromatin Immunoprecipitation Data for Transcription Factors
    Kenzie D. MacIsaac and Ernest Fraenkel

    12. Inferring Protein-DNA Interaction Parameters from SELEX Experiments
    Marko Djordjevic

    13. Kernel-Based Identification of Regulatory Modules
    Sebastian J. Schultheiss

    14. Identification of Transcription Factor Binding Sites Derived from Transposable Element Sequences Using ChIP-seq
    Andrew B. Conley and I. King Jordan

    15. Target Gene Identification via Nuclear Receptor Binding Site Prediction
    Gabor Varga

    16. Computing Chromosome Conformation
    James Fraser, Mathieu Rousseau, Mathieu Blanchette, and Josée Dostie

    17. Large-Scale Identification and Analysis of C-Proteins
    Valery Sorokin, Konstantin Severinov, and Mikhail S. Gelfand

    18. Evolution of cis-RegulatorySequences in Drosophila
    Xin He and Saurabh Sinha

    19. Regulating the Regulators: Modulators of Transcription Factor Activity
    Logan Everett, Matthew Hansen, and Sridhar Hannenhalli

    20. Annotating the Regulatory Genome
    Stephen B. Montgomery, Katayoon Kasaian, Steven J.M. Jones, and Obi L. Griffith

    21. Computational Identification of Plant Transcription Factors and the Construction of the PlantTFDB Database
    Kun He, An-Yuan Guo, Ge Gao, Qi-Hui Zhu, Xiao-Chuan Liu, He Zhang, Xin Chen, Xiaocheng Gu, and Jingchu Luo

    22. Practical Computational Methods for Regulatory Genomics: A cisGRN-Lexicon and cisGRN-Browser for Gene Regulatory Networks
    Sorin Istrail, Ryan Tarpine, Kyle Schutter, and Derek Aguiar

    23. Reconstructing Transcriptional Regulatory Networks Using Three-Way Mutual Information and Bayesian Networks
    Weijun Luo and Peter J. Woolf

    24. Computational Methods for Analyzing Dynamic Regulatory Networks
    Anthony Gitter, Yong Lu, and Ziv Bar-Joseph