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L'objectif de ce manuel est de fournir des connaissances pratiques sur la conception in silico de médicaments basés sur des ligands et sur le dépistage de la toxicité de molécules médicamenteuses connues. Il explique la préparation de la bibliothèque pharmacophore des molécules médicamenteuses, le criblage virtuel et le docking (interactions protéine-protéine et interaction protéine-molécule de tête). Tous les logiciels utilisés sont disponibles sur des serveurs Web publics ou peuvent être téléchargés gratuitement pour un usage académique. Le manuel suit un cheminement logique à partir des notions de base utilisées dans la description de la sélection des molécules principales sur la base de leurs propriétés thérapeutiques et de l'identification de la similarité structurelle pour la modification chimique de groupes spécifiques. Nous expliquons ici l'utilisation des bases de données NCBI et PUBCHEM pour la sélection des ligands et leurs propriétés physico-chimiques. La préparation d'une bibliothèque de milliers de composés sur la base de leurs groupes fonctionnels et l'examen de leur potentiel thérapeutique à l'aide de divers outils bioinformatiques. Le manuel est basé en partie sur la « préparation de la bibliothèque, le criblage virtuel, la sélection de la molécule active et l'amarrage à la protéine cible ».