Para las necesidades de los ecosistemas acuáticos, la calidad del agua debe ser buena, y los riesgos ambientales y sanitarios se producen cuando las aguas se contaminan y dejan de ser aptas para su uso. Sin embargo, la contaminación del agua en Chad se debe a actividades humanas (residuos domésticos, industriales y agrícolas), y también a una causa natural (composición geológica de los suelos, estiércol animal). Esta contaminación causa graves problemas al ecosistema a largo y corto plazo. Los riesgos y síntomas a largo plazo dependen de la dosis y la duración de la exposición. Las enfermedades desarrolladas suelen tener un origen químico: intoxicación por plomo, arsénico, mercurio, cromo, nitrato, cánceres relacionados con hidrocarburos... presentes en el agua. En el Chad, los principales riesgos sanitarios a corto plazo asociados al agua son generalmente infecciosos. Proceden de la presencia de microorganismos. Los efectos son generalmente leves (trastornos digestivos, micosis) pero pueden ser más importantes (hepatitis, leptospirosis, fiebre tifoidea, cólera, legionelosis...). Las diversas formas de contaminación, contaminación industrial, contaminación agrícola, basuras, materias fecales, residuos biomédicos, las actividades humanas son la causa de estos problemas, pero no forjan la ineficacia de las políticas gubernamentales.
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