Una de las consecuencias del progreso tecnológico y la revolución industrial ha sido la liberación de un gran número de sustancias químicas en el medio ambiente. La respuesta de la biota al estrés de la contaminación puede observarse en los niveles de organización del ecosistema, la comunidad, la población, el individuo y el suborganismo. El nivel de contaminantes detectado en los tejidos de los organismos es la única medida directa de la proporción de la entrega total de tóxicos a la biota y, por tanto, indica la fracción que probablemente entre y afecte al ecosistema acuático. La salud de un ecosistema acuático puede evaluarse a través de las alteraciones en la organización de la biota a nivel de población o de comunidad. Los cambios que se producen a nivel de población y que se utilizan para indicar el alcance de la contaminación en una zona se denominan "índices bióticos", mientras que las alteraciones a nivel de comunidad suelen representarse como "índices de diversidad de especies". Los cambios en la estructura de la comunidad se ven generalmente en términos de una disminución de la diversidad de especies.
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