En el presente trabajo se comparan los costos totales de control de la DBO5 en una sección de la cuenca del río Bío Bío, en la VIII Región de Chile, entre políticas de: Control de Estándares con un sistema de mercado. De acuerdo con un sinnúmero de demostraciones teóricas y simulaciones desarrolladas en los últimos decenios, el sistema de mercado es costo-efectivo. Sin embargo, cuando se exige y verifica el cumplimiento de metas preestablecidas, obligando a este sistema, reducir el número de permisos para cumplir con la meta ambiental, el sistema de mercado pierde su condición de eficiencia. En esta aplicación se muestra que a ciertos niveles de exigencia ambiental un sistema de permisos de descargas transferibles deja de ser costo-efectivo debido, entre otras razones, a: las restricciones que le imponen los propios sistemas hídricos, la ubicación de las fuentes más contaminantes y con mayores costos marginales de abatimiento en el área estudiada y, la capacidad de asimilación que tienen los cuerpos de agua receptores.