O uso do Controlo Interno como ferramenta de auxílio à auditoria interna nas organizações, pode quedar-se apenas pelo controlo do estrito dever legal, mas, sobretudo devem pautar-se, ao uso correto da gestão dos recursos, no intuito de atingir as metas e consecução dos objectivos traçados pela administração, especialmente no cumprimento de sua missão. Um sistema de controlo interno adequado minimiza os riscos da auditoria e consequentemente a extensão dos procedimentos a serem adoptados pelo auditor, visto que o trabalho de auditoria é cada vez mais um tema de elevada importância para a empresa que, quer por obrigação legal, quer ao nível interno, tenha de certificar que a informação financeira que produz é correcta, apropriada e fiável.