Les SGBD se distinguent clairement des systèmes de fichiers par le fait qu'ils permettent la description des données (définition des types par des noms, des formats, des caractéristiques et parfois des opérations) de manière séparée de leur utilisation (mise à jour et recherche). Ils permettent aussi de retrouver les caractéristiques d'un type de données à partir de son nom (par exemple, comment est décrit un produit). Le système de fichiers est un composant de plus bas niveau ne prenant pas en compte la structure des données. La tendance est aujourd'hui à intégrer le système de fichiers dans le SGBD, construit au-dessus.