Ce travail présente une analyse détaillée sur les cyanotoxines (métabolites secondaires), produites par les Cyanobactéries (algues bleus vertes) toxiques, et connues par leur effet néfaste sur l'Homme, l'animale et le végétale. Un intérêt particulier a été accordé à la définition de différents types de Cyanotoxines (Hépatotoxines, Neurotoxines, Dermatotoxines..), leurs types et modes d'effets, ainsi que à leurs implications écologiques, sur les produits agricoles, la santé humaine et environnementale. Aussi, les différentes techniques et analyses (biologiques, physicochimiques, et moléculaires) les plus utilisées dans la détection et le biomonitoring ont été présentées et discutées. Des études de cas ont été présentées et discutées pour montrer l'aspect pratique des méthodologies utilisées. L'ensemble des données pourrait servir de référence, non seulement, pour le public scientifique, mais notamment pour les gestionnaires des milieux aquatiques influencés par les Cyanobactéries toxiques.