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É importante selecionar uma cultivar com maior nível de resistência inata contra patógenos os micróbios não patogénicos podem elevar a resistência inata (daí a chamada resistência induzida) upregulando a expressão dos genes relacionados com a defesa. Os cultivares susceptíveis também podem ser cultivados acompanhados por aplicações de indutores de resistência. Formulações específicas de indutores de resistência podem ser desenvolvidas para manter os micróbios não-patogênicos viáveis por períodos mais longos. Microbianos não patogênicos produzem metabólitos bioativos, que podem ser purificados e aplicados às plantas cultivadas ao invés de micróbios intactos. O efeito dos compostos bioativos de Penicillium oxalicum é sinérgico para controlar a doença. Os compostos bioactivos têm a tendência para elevar as defesas moleculares, enzimáticas, bioquímicas, e físicas ao mesmo tempo em todas as cultivares de tomate. Há sempre um equilíbrio muito sofisticado entre as vias de defesa das plantas, que é reharmonizado pelas aplicações dos compostos bioativos, e a transformação traz um novo equilíbrio de vias de defesa para manter as plantas protegidas contra patógenos.