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Ballaststoffe und Humanarzneimittel - Antibiotika und Nicht-Antibiotika - können die Darmflora modulieren und das Wachstum von Kolonarchaeen und die Endosymbiose fördern. Eine ballaststoffreiche Ernährung wird von der Darmflora verdaut, was zur Bildung kurzkettiger Fettsäuren führt und das Wachstum von Endosymbionten und Kolonarchaeen hemmt. Eine ballaststoffarme Ernährung mit erhöhtem Protein- und Fettgehalt führt zu einer Stimulierung des Wachstums von Endosymbionten und Kolonarchaeen. Die Archaeen entwickeln schützende Mechanismen der Antibiotikaresistenz und dominieren die Kolonmikroflora. Die Dickdarmarchaeen übertragen durch natürliche Selektion und DNA-/Genaustausch mit anderen Dickdarm- und endosymbiotischen Organismen die Gene für Antibiotikaresistenz auf andere Dickdarmflora. Dies bildet die Grundlage für die Entstehung von Superbugs, die gegen alle Antibiotika resistent sind. Die Kolonarchaea erzeugt auch RNA-Viroide, die von der HERV-Reverse-Transkriptase des Kolonepithels in DNA-Viroide umgewandelt werden und in das Kolongenom integriert werden. Die RNA- und DNA-Viroide hybridisieren mit der viroidalen und bakteriellen Population des Darmmikrobioms und der DNA und RNA des Virobioms, was zur Bildung neuer Viren führt.
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