Ende der 90er Jahre erhielten die Makah nach 83 Jahren Unterbrechung erstmals wieder die Erlaubnis der Internationalen Walfangkommission, die traditionelle Jagd durchzuführen. Die Vorbereitungen der Jagd und die Jagd selbst begleiten heftige Proteste von Naturschützern und Walfanggegnern. Vor diesem Hintergrund erzählt "Der Walfänger" die spannungsreiche Beziehungsgeschichte zwischen dem Makah-Indianer Micah und der Naturschützerin Irina.