Hoy en día la agricultura busca controlar la naturaleza para cubrir las necesidades de una creciente sociedad urbanizada, al pensar sus productos como mercancías que competirán en el mercado y cuya realización estará basada en los valores del consumo. Esta gran demanda dificulta cada vez más el desarrollo de los sistemas agrícolas sostenibles. El estudio de marcadores bioquímicos y especificamente la enzimología del suelo carece de métodos estandarizados, aplicables a cualquier tipo de suelo y en cualquier situación. Esta tesis pretende proponer la utilización de metodologías analíticas de vanguardia para la determinación precisa y sensible de la actividad enzimática en suelos de diferentes zonas. El desarrollo de métodos para el monitoreo rutinario en campo es posible, debido a la disponibilidad actual de sistemas de electroforesis capilar miniaturizados y de electrodos modificados, diseñando dispositivos portables y automatizables. Ambas metodologías propuestas en este trabajo de tesis, junto a las diferentes modificaciones y sistemas de detección propuestos, han demostrado ser muy útiles para el seguimiento de la actividad microbiana.