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Le fonctionnement du laboratoire de bactériologie du CHU-JRA Antananarivo a été étudié prospectivement en se basant sur le document « EVALMIC » édité par le collège de Bactériologie-Virologie, Hygiène des hôpitaux et de la Société Française de Microbiologie (SFM), version 1. Ce travail se propose comme objectif de tirer les meilleures méthodes afin d'améliorer la qualité du service fourni par le laboratoire. Le chef de service essaie de mettre en place le système qualité malgré l'absence de comité officiel d'assurance qualité. Actuellement, il n'y a aucun document « démarche qualité » écrit propre à l'Unité Paraclinique de Formation et de Recherche en Microbiologie (UPFRM) ni de Guide de Bonne Exécution des Analyses (GBEA). Les commandes de réactifs dont le laboratoire aura besoin pendant un temps déterminé, sont sous la Direction de l'établissement voire le Ministère de tutelle après dressage de la liste par le Chef de service Le laboratoire de bactériologie dispose de différents équipements de base pour fonctionner mais la plupart des équipements en service sont usés et mal entretenus.