A espécie Melanosuchus niger, conhecida popularmente como jacaré-açu ou jacaré-gigante, distribui-se basicamente por toda a bacia amazônica. É a maior espécie da família Alligatoridae. Neste trabalho caracterizamos os estágios embrionários, baseado nas principais transformações morfológicas sofridas pelo embrião durante o processo de desenvolvimento e descrevemos a formação condrogênica e o padrão de ossificação do esqueleto. Na Reserva Extrativista do Lago do Cuniã, Rondônia, Brasil, seis ninhos foram marcados e protegidos após sua postura. As amostras foram submetidas à técnica de diafanização e coloração dos ossos e cartilagens. Para estágios iniciais foi empregada a técnica histológica de rotina com coloração HE e microscopia eletrônica de varredura para análises mais acuradas.