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A Naegleria fowleri, a "ameba comedora de cérebros", causa a Meningoencefalite Amebiana Primária (PAM) fatal. Neste estudo, amostras de LCR de 80 doentes suspeitos de PAM foram analisadas em relação a indicadores-chave como a contagem de leucócitos, glucose, proteínas e microscopia. Enquanto 79 deram negativo, um foi confirmado positivo para N. fowleri através de PCR e microscopia. Surpreendentemente, os testes comuns ao LCR (proteína elevada, glicose baixa, TLC elevada) não conseguiram distinguir a PAM de outros tipos de meningite, salientando a necessidade de PCR e microscopia de preparação húmida para um diagnóstico preciso. A amostra positiva foi cultivada em ágar não nutriente (NNA) e a sequenciação mitocondrial identificou N. fowleri. A genotipagem revelou o genótipo 2 de N. fowleri, marcando o primeiro relatório no Paquistão. A vigilância ambiental do abastecimento de água de Karachi identificou N. fowleri em 11 locais, incluindo a casa do doente, ligando a água contaminada à infeção. Desde 2011, todos os casos de PAM em Karachi foram registados aqui. Este estudo fornece dados genotípicos essenciais e apela a uma melhor monitorização da qualidade da água, à sensibilização do público e à melhoria das infra-estruturas para combater esta doença mortal.