El papel del virus del papiloma humano (VPH) como posible factor etiológico del carcinoma oral (CO) ha sido objeto de debate durante las tres últimas décadas. La patogénesis del VPH en el cáncer de cuello uterino está bien establecida y el Centro Internacional de Investigaciones sobre el Cáncer ha aceptado el papel del VPH en varios cánceres de cabeza y cuello. Sin embargo, las pruebas de una relación definitiva entre el VPH y el cáncer de cuello uterino siguen siendo controvertidas. El genotipado basado en secuencias (SBG) ofrece a los usuarios varias ventajas, como un método genérico de preparación de muestras, una estrategia uniforme de flujo de trabajo bioinformático para lograr objetivos de genotipado adaptados a especies individuales independientemente de la disponibilidad de una secuencia de referencia, la característica más distintiva es la capacidad de genotipado de cualquier estructura de población independientemente de si se incluyen datos parentales, y la capacidad de puntuación codominante de marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) que segregan en poblaciones.
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