Os indicadores bacterianos convencionais continuam a ser o padrão de ouro útil na avaliação da qualidade da água. No entanto, a presença de bactérias viáveis mas não cultiváveis continua a causar surtos graves através da utilização de água contaminada por agentes patogénicos para fins de consumo e/ou recreativos. O objetivo deste trabalho foi combinar o método de cultura com a PCR, tanto monoplex como multiplex, a fim de determinar o risco potencial da água examinada. Foram utilizados métodos de cultura para detetar indicadores bacterianos e bactérias patogénicas seleccionadas, nomeadamente Escherichia coli O157:H7, Legionella spp. e Helicobacter pylori. Além disso, a PCR foi utilizada para detetar E. coli O157:H7 e uma PCR multiplex foi utilizada para detetar simultaneamente os seis genes de virulência seleccionados (flic, stx1, stx2, eae, rfbE e hly). Foram recolhidas cento e setenta e cinco amostras de água diferentes no Egipto. As amostras de água foram recolhidas do rio Nilo (ramo Rossita), do Mar Mediterrâneo, de esgotos, de águas residuais hospitalares e de águas subterrâneas. Legionella spp. e H. pylori foram detectadas por métodos de cultura em meios selectivos em 25 e 33% das amostras de água examinadas, respetivamente.