Los ríos Saphy y Cachimayu constituyen un problema ambiental en Cusco, debido a que, son receptores de efluentes domésticos, escombros y residuos sólidos, uso de detergentes fosfatados, etc. sus aguas presentan contaminantes orgánicos e inorgánicos, siendo un riesgo para la salud pública.Es importante determinar la pérdida de la calidad de ambos ríos para proponer políticas y programas de minimización, control y recuperación; el objetivo de la investigación fue calcular el Índice de Calidad de Agua (ICA) para ambos ríos, que sirva como un método uniforme para medir la calidad del agua de ríos con similares características.La determinación del ICA, se efectuó siguiendo la metodología NSF; al aplicar esta metodología se identificó la pérdida de calidad en dos ríos que requieren ser conservados: el Saphy desciende el ICA de 72 a 45 y la DBO5 se incrementa en 32 veces; el río Cachimayu muestra evidente pérdida en su calidad, los coliformes fecales se incrementan en 5 veces al finalizar su recorrido; estos ríos urbanos al ser estudiados se convierten en modelos para la gestión hídrica de cursos de agua, por lo tanto, útiles para la réplica en investigación en ríos similares.