Os rios Saphy e Cachimayu constituem um problema ambiental em Cusco, porque recebem efluentes domésticos, detritos e resíduos sólidos, a utilização de detergentes fosfatados, etc. As suas águas contêm poluentes orgânicos e inorgânicos, o que representa um risco para a saúde pública. É importante determinar a perda de qualidade de ambos os rios a fim de propor políticas e programas de minimização, controlo e recuperação; o objectivo da investigação foi calcular o Índice de Qualidade da Água (WQI) para ambos os rios, que serve como método uniforme para medir a qualidade da água de rios com características semelhantes. A determinação do WQI foi realizada seguindo a metodologia NSF; ao aplicar esta metodologia, identificou-se a perda de qualidade em dois rios que precisam de ser conservados: o rio Saphy diminui o WQI de 72 para 45 e o BOD5 aumenta 32 vezes; o rio Cachimayu mostra uma perda evidente na sua qualidade, os coliformes fecais aumentam 5 vezes no final do seu curso; estes rios urbanos, quando estudados, tornam-se modelos para a gestão da água de cursos de água, portanto, úteis para a replicação na investigação em rios semelhantes.