Il est important de sélectionner un cultivar présentant un niveau plus élevé de résistance innée aux agents pathogènes. Les microbes non pathogènes peuvent augmenter la résistance innée (appelée résistance induite) en régulant l'expression des gènes liés à la défense. Les cultivars sensibles peuvent également être cultivés avec des applications d'inducteurs de résistance. Des formulations spécifiques d'inducteurs de résistance peuvent être développées pour maintenir les microbes non pathogènes viables pendant de plus longues périodes. Les microbes non pathogènes produisent des métabolites bioactifs, qui peuvent être purifiés et appliqués aux plantes cultivées à la place des microbes intacts. L'effet des composés bioactifs de Penicillium oxalicum est synergique pour contrôler la maladie. Les composés bioactifs ont tendance à élever les défenses moléculaires, enzymatiques, biochimiques et physiques en même temps dans tous les cultivars de tomates. Il y a toujours un équilibre très sophistiqué entre les voies de défense des plantes qui est réharmonisé par les applications de composés bioactifs, et la transformation apporte un nouvel équilibre des voies de défense pour maintenir les plantes protégées contre les pathogènes.