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Le protozoaire est un animal unicellulaire, la plupart sont très petits, beaucoup sont un peu plus grands en taille. Les protozoaires tissulaires sont l'un des principaux facteurs déterminants de la santé animale qui causent de graves pertes économiques dans l'industrie des animaux d'élevage du monde entier, en particulier au moment de la production. Dans le même temps, la viande animale infectée peut constituer une source importante d'infection pour l'homme lors de sa manipulation ou si elle est consommée insuffisamment cuite. Dans cette revue, les protozoaires présents dans les tissus animaux sont classés en 1- protozoaires du sang et des tissus (Trypanosoma, Leishmania, Sarcocystis, Toxoplasma, Neospora, Hammond, Besnotia, Babesia, et Theileria.), 2- protozoaires intestinaux et urogénitaux (Entamoeba, Balantidium, Giardia, Trichomonas, Eimeria, Cryptosporidia et Isospora). L'identification des protozoaires particuliers dans ce manuel est basée sur les détails morphologiques et le cycle de vie, les études histopathologiques, les tests biologiques, les tests sérologiques et l'immuno-histochimie. L'ultra-structure et la biologie moléculaire ont également été incluses.