Candida sp. é o agente fúngico mais frequentemente isolado e associado a altas taxas de morbimortalidade em pacientes hospitalizados. Apesar de bem estabelecida, a epidemiologia dessas infecções tem apresentado grande variação em relação à região e ao período estudado. Para a identificação dos isolados, foram utilizadas provas fenotípicas (macromorfologia em CHROMagar, produção de tubo germinativo e clamidósporos) e espectrometria de massas (MALDI-TOF/MS). Dos isolados encontrados, 68,0% pertenciam ao grupo de Candida não-albicans e 32,0% pertenciam à espécie Candida albicans. Em relação aos espécimes clínicos, 44,0% das cepas estudadas foram isoladas de amostras de urina, seguidas de hemocultura (13,0%). Neste estudo, o setor hospitalar com a maior taxa de recuperação fúngica foi o CTI, com 40,0% dos isolamentos. Dentre as quatro regiões avaliadas, o município de Niterói foi o que apresentou o maior percentual de recuperação (52,0%). A correta identificação dos agentes etiológicos tem impacto direto na epidemiologia das infecções fúngicas, e, consequentemente, no manejo, controle e tratamento de pacientes hospitalizados.