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En el presente trabajo se identificó mediante características culturales y morfológicas a la especie Colletotrichum acutatum causante de la antracnosis en limón mexicano. El aislamiento monospórico de C. acutatum es patogénico cuando se inocula en plantas sanas de limón mexicano. La cepa nativa del CEP-CSAEGRO, se identificó morfológicamente como Trichoderma sp. y presenta efecto fungicida sobre C. acutatum patógeno de limón mexicano. La mayor inhibición del crecimiento del hongo patógeno se presentó a las 72 horas de incubación en PDA + pesticidas orgánicos y químicos. El máximo crecimiento se presentó a las 96 horas de incubación en PDA + pesticidas orgánicos y químicos. Los productos orgánicos de Azadirachta indica + Cinnamomum zeylanicum, Allium sativum, Argemone mexicana y Larrea tridentata, tienen actividad fungicida contra C. acutatum. El fitoextracto Reynoutria sachalinensis ejerce actividad fungistática contra el hongo patógeno. Los pesticidas químicos Cyprodinil + fludioxonil, Piraclostrobina, Fluopyram + tebuconazole, Pirimetanil, Oxicloruro de cobre y Mancozeb, presentan acción fungicida contra el hongo fitopatógeno.