È importante selezionare una cultivar con un livello più alto di resistenza innata contro i patogeni. I microbi non patogeni possono elevare la resistenza innata (quindi chiamata resistenza indotta) aumentando l'espressione dei geni legati alla difesa. Le cultivar suscettibili possono anche essere coltivate accompagnate da applicazioni di induttori di resistenza. Formulazioni specifiche di induttori di resistenza possono essere sviluppate per mantenere i microbi non patogeni vitali per periodi più lunghi. I microbi non patogeni producono metaboliti bioattivi, che possono essere purificati e applicati alle piante coltivate al posto dei microbi intatti. L'effetto dei composti bioattivi di Penicillium oxalicum è sinergico per controllare la malattia. I composti bioattivi hanno la tendenza a elevare le difese molecolari, enzimatiche, biochimiche e fisiche allo stesso tempo in tutte le cultivar di pomodoro. C'è sempre un equilibrio molto sofisticato tra le vie di difesa delle piante che viene riarmonizzato dalle applicazioni dei composti bioattivi, e la trasformazione porta un nuovo equilibrio delle vie di difesa per mantenere le piante protette contro i patogeni.
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