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El objetivo del manual es proporcionar conocimientos prácticos sobre el diseño in silico de fármacos basado en ligandos y el cribado de toxicidad de moléculas diana conocidas. Explica la preparación de la biblioteca de farmacóforos de moléculas de fármacos, el cribado virtual y el acoplamiento (interacciones proteína-proteína e interacción proteína-moléculas de plomo). Todos los programas informáticos utilizados están disponibles en servidores web públicos o pueden descargarse gratuitamente para uso académico. El manual sigue un camino lógico a partir de las nociones básicas utilizadas en la descripción de la selección de moléculas líderes en función de sus propiedades terapéuticas y la identificación de similitudes estructurales para la modificación química en grupos específicos. Aquí se explica el uso de las bases de datos de NCBI y PUBCHEM para la selección de ligandos y sus propiedades físico-químicas. Preparación de una biblioteca de miles de compuestos en función de sus grupos funcionales y cribado de su druggability utilizando diversas herramientas bioinformáticas. El manual se basa en parte en la «preparación de la biblioteca, cribado virtual, selección de moléculas activas y acoplamiento con la proteína diana».
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