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O bentos das águas doces representa uma variável altamente discriminatória, uma vez que estes animais estão confinados a micro-habitats, recebendo constantemente matéria natural produzida num ecossistema ou que nele aflora. O bentos pode sobreviver em situações poluídas e uma grande variedade de organismos pertencentes a diferentes classes e ordens. Estes incluem nemátodos, anelídeos, artrópodes e moluscos num ecossistema de água doce. O bentos é geralmente conquistado por dois grupos principais de organismos, os vermes oligoquetas e as larvas de quironomídeos, para além do terceiro grupo comum de moluscos. Os crustáceos e várias larvas de insectos menores ocorrem geralmente em número parcial. A qualidade da água afecta a composição das espécies, a abundância e a produtividade dos organismos bentónicos de água doce. A estrutura e composição destes organismos é um indicador aparente da superioridade da água.