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Os póneis de Timor (TP) foram enviados pela primeira vez para a Austrália no início de 1800 e foram altamente valorizados como animais de transporte e de carga, o que fez com que os TP contribuíssem para o desenvolvimento das raças de cavalos australianas. Hoje em dia, embora o número exato de TPs na Austrália seja atualmente desconhecido, tem havido um interesse recente em estabelecer um programa de criação doméstica de TPs australianos.O objetivo deste estudo foi avaliar a relação de parentesco de uma amostra de TPs, bem como fornecer estimativas dos níveis de consanguinidade genómica para melhor informar a viabilidade de utilizar estes animais como fundadores de um programa de criação doméstica. Além disso, foram estimadas as distâncias genéticas entre os TPs amostrados e outras raças de cavalos australianas e indonésias.Os resultados ilustram que há cavalos distantemente relacionados e minimamente consanguíneos dentro dos TPs amostrados. Os comprimentos dos segmentos ROH também indicaram que eventos recentes de consanguinidade provavelmente só ocorreram em um terço dos cavalos. No geral, esses resultados são promissores para o sucesso de um programa doméstico de reprodução de TP; no entanto, considerando o baixo número de TP domésticos na Austrália, certamente haveria benefícios substanciais na incorporação de TP adicionais.