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Il benthos delle acque dolci rappresenta una variabile altamente discriminante poiché questi animali sono confinati in microhabitat, ricevendo costantemente materia naturale prodotta o riversata in un ecosistema. Il benthos può sopravvivere in situazioni inquinate e una vasta schiera di organismi appartenenti a classi e ordini diversi. Questi includono nematodi, anellidi, artropodi e molluschi in un ecosistema di acqua dolce. Il benthos è solitamente dominato da due gruppi principali di organismi, i vermi oligocheti e le larve di chironomidi, oltre al terzo gruppo comune dei molluschi. I crostacei e varie larve di insetti minori sono solitamente presenti in numero parziale. La qualità dell'acqua influisce sulla composizione delle specie, sull'abbondanza e sulla produttività degli organismi bentonici d'acqua dolce. La struttura e la composizione di questi organismi è un indicatore evidente della qualità dell'acqua.