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Il riso (Oryza sativa) è la coltura alimentare più importante del mondo e una fonte alimentare primaria per più di un terzo della popolazione mondiale. L'area di raccolta del riso in India è la più grande del mondo. L'India possiede un'immensa ricchezza di germoplasma di riso aromatico e di razze terrestri che presentano un'ampia variabilità per quanto riguarda le loro caratteristiche morfofisiologiche, agronomiche, di chicco e di cottura. In precedenza, un gran numero di tali varietà erano note collettivamente come Basmati (bas = aroma). I marcatori molecolari sono generalmente classificati in (i) marcatori basati sull'ibridazione (non PCR) e (ii) marcatori basati sulla PCR. I marcatori basati sull'ibridazione coinvolgono la digestione di restrizione e l'ibridazione dei frammenti di DNA limitati ad una sonda etichettata come in RFLPs e VNTRs, dove come marcatori basati su PCR comporta l'amplificazione del DNA isolato. ). Questi marcatori basati sulla PCR sono tecnicamente semplici e richiedono solo una piccola quantità di DNA.