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La biodiversité est composée essentiellement de la diversité génétique. En effet, il est nécessaire de maintenir les ressources génétiques pour assurer l'évolution des populations naturelles végétales et animales. Actuellement et avec les changements des conditions environnementales, on doit étudier l'adaptation et la résistance des espèces locales notamment chez les cucurbitacées qui sont importantes dans l'alimentation humaine. L'objectif principal de cette étude est de caractériser la variabilité génétique des populations de Cucurbita maxima Tunisienne pour maintenir les accessions locales. Une évaluation in-situ de cette collection de courge a abouti à une cartographie et a mis en évidence une grande diversité morphologique entre les fruits et graines provenant des zones majeures de production. L'étude agro-morphologique de courges collectées, à travers les descripteurs UPOV et IPGRI, a révélé un polymorphisme élevé. Le taux des phénols totaux et la capacité antioxydante des graines de courge ont été élevés. La diversité génétique mesurée à partir de marqueurs RAPD, ISSR et SRAP a permis la mise au point d'un arbre phylogénique en utilisant les techniques UPGMA et STRUCTURE.