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Naegleria fowleri, l'"amibe mangeuse de cerveau", est à l'origine de la méningo-encéphalite amibienne primaire (MAM), une maladie mortelle. Dans cette étude, des échantillons de LCR provenant de 80 patients suspectés de méningo-encéphalite amibienne primaire ont été analysés pour des indicateurs clés tels que la numération des leucocytes, le glucose, les protéines et la microscopie. Si 79 échantillons se sont révélés négatifs, un a été confirmé positif pour N. fowleri par PCR et microscopie. De manière surprenante, les tests courants du LCR (protéines élevées, glucose faible, TLC élevé) n'ont pas permis de distinguer la PAM d'autres types de méningite, soulignant la nécessité de la PCR et de la microscopie humide pour un diagnostic précis. L'échantillon positif a été cultivé sur une gélose non nutritive (NNA) et le séquençage mitochondrial a permis d'identifier N. fowleri. Le génotypage a révélé le génotype 2 de N. fowleri, ce qui constitue le premier rapport au Pakistan. La surveillance environnementale des réserves d'eau de Karachi a permis d'identifier N. fowleri dans 11 endroits, y compris au domicile du patient, établissant ainsi un lien entre l'eau contaminée et l'infection. Depuis 2011, tous les cas de PAM à Karachi ont été rapportés ici. Cette étude fournit des données génotypiques essentielles et plaide en faveur d'une meilleure surveillance de la qualité de l'eau, de la sensibilisation du public et de l'amélioration des infrastructures pour lutter contre cette malad