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As doenças infecciosas são um de vários factores que podem afectar o desempenho dos rebanhos. As práticas modernas da indústria, tais como programas rigorosos de higiene nos incubatórios, vacinação generalizada, utilização de aditivos alimentares e precauções de biossegurança evoluíram para proporcionar uma defesa, na maioria dos casos, contra perdas graves causadas por estas doenças. No entanto, os avicultores devem permanecer vigilantes contra surtos de doenças infecciosas, incluindo colibacilose, coccidiose e salmonelose, entre as principais doenças entéricas das aves domésticas. A colibacilose e salmonelose podem ser transmitidas da incubadora para as instalações de criação, porque estes agentes estão dentro do ovo e o pinto já está infectado quando eclode (transmissão vertical), bem como através da via horizontal, sendo a via oral a mais frequente.