La gestion foncière de l'Université d'Antananarivo fait face actuellement à plusieurs difficultés, dont la plus importante est le phénomène des constructions illicites, aussi appelé squattérisation. En réalité, les terrains sont juste mis à la disposition de l'université mais la propriété revient encore à l'Etat. C'est le régime du domaine privé de l'Etat. Par conséquent, des particuliers adressent aussi une demande au Service chargé des Domaines. La meilleure solution serait de bien définir les droits de propriété, c'est-à-dire reconnaître à l'Université la vraie propriété. Ainsi, les terrains seront bien sécurisés et plus faciles à gérer.