Détection des orthologues et des paralogues à l'aide de l'arbre phylogénétique - Malhi, Manpreet Singh;Kaur, Sukhdeep
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L'orthologie et la paralogie sont des concepts centraux en biologie évolutive. La prédiction des orthologues (gènes homologues qui ont divergé en raison de la spéciation) et des paralogues (gènes homologues qui ont divergé en raison de la duplication) fait partie intégrante de nombreuses méthodes de génomique comparative. Un certain nombre de méthodes sont utilisées pour déduire l'orthologie et la paralogie. Les orthologues et les paralogues peuvent être déduits à l'aide de méthodes basées sur les graphes et de méthodes basées sur la phylogénétique. Cependant, les méthodes basées sur les…mehr

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Produktbeschreibung
L'orthologie et la paralogie sont des concepts centraux en biologie évolutive. La prédiction des orthologues (gènes homologues qui ont divergé en raison de la spéciation) et des paralogues (gènes homologues qui ont divergé en raison de la duplication) fait partie intégrante de nombreuses méthodes de génomique comparative. Un certain nombre de méthodes sont utilisées pour déduire l'orthologie et la paralogie. Les orthologues et les paralogues peuvent être déduits à l'aide de méthodes basées sur les graphes et de méthodes basées sur la phylogénétique. Cependant, les méthodes basées sur les analyses phylogénétiques sont très proches de la définition originale de l'orthologie et de la paralogie et sont connues pour être précises. Dans le présent travail, un pipeline pour la détection des orthologues et des paralogues est développé sur la base de l'approche phylogénétique. Un ensemble de protéines a été téléchargé à partir d'UniProt et une base de données a été développée. Des orthologues et des paralogues ont été détectés pour la séquence de la protéine interrogée. L'algorithme de chevauchement des espèces et le seuil de distance patristique par paire ont été utilisés pour identifier une prédiction précise et ajustée des paralogues et des orthologues. Une interface conviviale a été développée pour faciliter l'utilisation.
Autorenporträt
Manpreet Singh a plus de 14 ans d'expérience dans le domaine de la biologie informatique. Il s'intéresse notamment aux méthodes d'apprentissage automatique en bioinformatique, à l'analyse des données en biologie végétale et aux méthodes informatiques dans le domaine de la sélection des cultures.