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Le rôle du virus du papillome humain (VPH) en tant que facteur étiologique potentiel du carcinome buccal (CB) a été débattu au cours des trois dernières décennies. La pathogenèse du VPH dans le cancer du col de l'utérus est bien établie et le Centre international de recherche sur le cancer a reconnu le rôle du VPH dans plusieurs cancers de la tête et du cou. Toutefois, les preuves d'un lien définitif entre le VPH et le cancer du col de l'utérus restent controversées. Le génotypage basé sur les séquences (SBG) offre aux utilisateurs plusieurs avantages, notamment une méthode générique de préparation des échantillons, une stratégie de flux de travail bioinformatique uniforme permettant d'atteindre des objectifs de génotypage adaptés à chaque espèce, indépendamment de la disponibilité d'une séquence de référence, la caractéristique la plus distinctive étant la capacité de génotyper toute structure de population, que les données parentales soient incluses ou non, et la capacité de marquer de manière codominante des marqueurs de polymorphisme nucléotidique simple (SNP) ségréguant dans les populations.