En Afrique de l'Ouest les écosystèmes naturels et anthropisés constituent les principales sources d'énergie. La préservation de ces écosystèmes s'avère pourtant indispensable pour toute politique d'atténuation des émissions de gaz à effet de serre, surtout le CO2. Cette recherche est porté sur l'analyse des flux de CO2 dans trois types d'écosystème sous climat soudanien au Bénin. Il s'agit spécifiquement d'une forêt claire cultivée, d'une forêt claire classée et d'une savane cultivée dans le bassin versant de la Donga. A l'échelle annuelle, pendant que la forêt classée (Bellefoungou) et la savane cultivée (Nalohou). séquestraient respectivement en moyenne 640 ± 50 et 232 ± 27 g C m-2 en considérant la période de mesure, la forêt cultivée (Nangatchori) était en équilibre avec 29 ± 16 g C m-2. Globalement, les écosystèmes étaient plus efficients dans l'utilisation de l'eau dans la matinée et la saison humide que l'après midi et la saison sèche. L'étude a révélé que la variabilité inter-annuelle de la séquestration de carbone par la savane cultivée était principalement contrôlée par la variabilité de la respiration de l'écosystème en réaction à la variation de l'humidité du sol.