Introduite au Burundi dès 1919, la culture du coton a prospéré jusqu'en 1993 et depuis lors elle est en perpétuel déclin sous l'effet de diverses causes: instabilité du marché mondial de la fibre du coton, politiques (subventions) des grands producteurs, concurrence du synthétique dans l industrie textile, prix des intrants agricoles (engrais chimiques et produits phytosanitaires) et des matières premières pour les industries, la concurrence des cultures vivrières sur des facteurs de production déjà contraignants et surtout le prix au producteur moins rémunérateur. Des investigations ont été menées dans cette filière pour comprendre les mécanismes d'adaptation mis en uvre. Il ressort de ces investigations que la culture du coton n est plus compétitive face aux vivriers dans les exploitations. Le prix octroyé au producteur n est pas motivant, les coûts de production sont onéreux et les facteurs de production deviennent de plus en plus contraignants. Dans ce contexte la majorité des producteurs associent le coton au haricot et au niébé pour profiter des subventions et autres avantages, tandis que la COGERCO est sous pression d'être privatisée.